El gobierno federal juega un papel muy importante en la isla de Puerto Rico. Esto se debe a dos razones principales: la aplicabilidad de las leyes y regulaciones de la Constitución de los EE.UU. en Puerto Rico y la transferencia anual a la Isla de más de $13 billones en fondos federales.

Según la Ley de Relaciones Federales de Puerto Rico de 1950, el gobierno federal trata a Puerto Rico como un estado en muchos de los asuntos. Sin embargo, Puerto Rico aún es un territorio no incorporado de los Estados Unidos y tiene autoridad para gobernarse a sí mismo en asuntos locales, de la misma manera que lo hacen los estados de la Unión.

Las leyes federales aplican a la Isla excepto en aquellos casos en los que el Congreso de los EE.UU. legisle para que esto no suceda. Toda persona nacida en Puerto Rico obtiene la ciudadanía de los EE.UU. al igual que ocurre en los Estados. Además, los Tribunales estadounidenses y muchas de las agencias federales operan en la Isla.

La mayor parte de los programas federales incluyen a Puerto Rico, aunque las condiciones que aplican a la Isla no necesariamente son iguales a las de los demás estados. El total de los gastos federales en Puerto Rico, incluyendo la transferencia de pagos y los gastos administrativos alcanzó la cifra de $13 billones en 1999. Los residentes de la Isla no tienen que pagar impuestos federales sobre ingresos y consumo. Sin embargo los puertorriqueños participan en el sistema de seguro social y tienen que aportar al fondo fiduciario a través del impuesto de seguro social.

Entre las agencias federales con oficinas en Puerto Rico se encuentran: "Internal Revenue Service"; "Small Business Administration"; "Veterans Affairs Department"; "Bureau of Tobacco, Alcohol & Firearms"; "Customs Service"; "Immigration and Naturalization Service"; "Drug Enforcement Administration"; "Federal Bureau of Investigations"; "Postal Service"; "Armed Forces"; "National Parks Service"; "Environmental Protection Agency"; "Fish and Wildlife Service" y el "Department of Commerce", entre otras.

Al igual que ocurre con los estados, el gobierno federal controla la aduana y la inmigración; el comercio interestatal entre Puerto Rico, los cincuenta estados y otros territorios estadounidenses y las licencias de las estaciones de radio y televisión. Además, regula las instituciones financieras, las compañías de telecomunicaciones y los transportes aéreos y marítimos compartidos, entre otros.

El presidente de los EE.UU. nomina, con la confirmación del Senado de los EE.UU., siete jueces activos, tres jueces de más alto rango y tres magistrados para servir en el Tribunal de Distrito de EE.UU. para el Distrito de Puerto Rico. Las decisiones que éstos tomen están sujetas a apelación en el sistema federal de tribunales de EE.UU. por medio del Primer Circuito del Tribunal de Apelaciones de EE.UU y directamente en el Tribunal Supremo de EE.UU. Las decisiones del Tribunal Supremo de Puerto Rico pueden ser apeladas directamente en el Tribunal Supremo de EE.UU. El Tribunal de Quiebras también se encuentra en la Isla.

En diciembre de 1998 se llevó a cabo en la Isla un plebiscito auspiciado por el gobierno local. A pesar de este esfuerzo, el Congreso de EE.UU. no ha podido asumir una postura decisiva en cuanto a los resultados del mismo. Se celebraron varias vistas de comités en mayo de 1999 y se produjo un informe inconcluso en diciembre, pero no se generaron acciones legislativas.

Después de que el Congreso legislara en 1996 para eliminar la Sección 936 del Código de Rentas Internas, la administración del gobernador Pedro Rosselló () cabildeó activamente en el Congreso para que se promulgara una disposición sustituta, la Sección 30A, para proveer incentivos para la inversión manufacturera en la Isla. Las gestiones de los cabilderos no tuvieron éxito.

La Sección 936, la cual se eliminará totalmente en el 2005, brindaba a las compañías estadounidenses exenciones parciales de impuestos sobre ingresos federales sobre las ganancias que se devengaran de operaciones manufactureras en la Isla. Desde 1993, esta manera de eludir los impuestos fue atacada por el Congreso por tratarse de "asistencia gubernamental corporativa" ("congressional welfare") ya que estimulaba la obtención de ganancias (para maximizar exención contributiva) sin fomentar la creación de empleos.